绩效考核标准不明确或绩效考核机制不完善。如果事业单位的绩效考核标准不明确或绩效考核机制不完善，绩效考核的结果会存在争议，导致绩效奖金的分配不公平，甚至不能按时分配。

财政预算不足。事业单位的绩效奖金一般都需要从财政预算中安排，如果财政预算不足，会导致绩效奖金不能按时发放。

行政审批流程繁琐。为了确保绩效考核的公正性和合法性，需要经过多个部门的审核和审批，存在行政流程繁琐的问题，导致绩效奖金不能按时发放。