对于农资店无证经营种子，由工商行政管理部门依照相关法律、行政法规的规定予以处罚，没收违法所得。

经营者未依法取得许可且未依法取得营业执照从事经营活动的，依照规定予以查处。

法律、行政法规对无照经营的处罚没有明确规定的，由工商行政管理部门责令停止违法行为，没收违法所得，并处1万元以下的罚款。