经过泉港区、惠安县、泉州台商投资区、洛江区、丰泽区、泉州经济技术开发区、晋江市、南安市，厦门市翔安区、湖里区、海沧区，漳州台商投资区、龙海区、漳州高新技术产业开发区、龙文区、芗城区、南靖县，贯穿厦门、漳州、泉州三大中心城区，止于漳州市南靖县靖城站；

作为客运专线的福厦高速铁路自福州南站至厦门西站，途经福州南、福清、渔溪（预留）、涵江、莆田、枫亭、惠安西（预留）、新泉州、泉州南、翔安、厦门西、杏林、厦门北、厦门14个站点，全线总长约273千米。