农商银行存折一次取多笔存款，需要输入两次密码。

1. 银行在进行存款和取款等敏感操作时，通常要求客户进行身份验证。

因此，每次进行取款操作都会需要输入密码来确认身份和权限。

2. 在这种情况下，由于一次取两笔款项，所以需要进行两次取款操作，每次操作都需要输入密码进行身份验证。

因此，需要输入两次密码。

总结：根据以上原因，农商银行一本通一次取两笔存款需要输入两次密码