运河水道还开行有水上公交巴士，线路共7条，沿途设有武林门码头、信义坊码头、拱宸桥码头和大河造船厂码头四个停靠码头。

杭州水上巴士线路-1号线

1号线是水上巴士中最受瞩目的一条，从武林门码头出发，一路经过信义坊、拱宸桥等，周围都是很有历史的地方。

1号线分工作日线与双休日线，大部分人坐的都是双休日线，而工作日的起点则是濮家站，经艮山门后到武林门，剩下的站点则和双休日一样到拱宸桥。

杭州水上巴士线路-2号线

2号线是从武林门码头开往西溪五常，从运河到余杭塘河再到西溪湿地，一路经过信义坊、浙大紫荆港校区、蒋村等。五月去蒋村看赛龙舟，秋天去西溪看荻花，都可以坐这条水上巴士去。据说这条路一路过去的美食非常多，想去扫街的吃货可以考虑坐船去。

杭州水上巴士线路-3号线

3号线从打铁关码头出发，沿着上塘河一直到达终点半山。上塘河是杭州历史上的第一条人工河，从杭州城区穿越余杭境内。

3号线可能是这几条水上巴士线路中人最少的，如果不想和游客一起等繁忙的1号线，或者等不来一次只能上8个人的7号线，可以选择这条

杭州坐水上巴士是以武材门码头为中心，上到拱墅桥，及上塘河，下到：艮山门码头，另外东河从梅花碑也可以，以武林门到拱墅桥一路观看运河两岸的风光，是观有特色

10月1日，阔别已久的武林门码头将焕新归来！届时，市民游客又能从武林门码头乘坐水上巴士、运河游船，一路向北到达拱宸桥和塘栖了。