不会扣违约金的。公租房提前退租公租房管理处是很乐意的，不会以此扣除租户违约金的，因为公租房房量毕竟有限，需求者众多，只要有租户退租，会有很多需求者排队等候。其实发生这种情况是少之有少，公租房本就不好租，而且租金低廉，基本上没有人愿意提前解除合同提前退租的。