因为广州地铁3号线是一条分叉线，从番禺广场站起到体育西路站分叉，到天河客运站的一条线路，到白云机场的一条线路，总称为3号线。其实搭乘至白云机场的3号线就可以直，到广州火车东站，不需要换乘。广州地铁3号线是分两期工程建设的，第一期工程是从番禺广场至天河客运站，第二期工程利用体育西站到广州火车东站的1号线路段，再从广州火车东站修建至白云机场。

因为广州地铁三号线分为了两段，其中三号线原本是番禺广场到天河客运站，随后新开了北延段，是由体育西路到达机场北。其中广州东站就是位于北延段上。

因此对于一些三号线列车，是不直接到达广州东。但是随后也开通了番禺广场直达机场北的，途径广州东。