1、地理位置不同

海口站即海口火车站，是粤海铁路海口轮渡站点。海口站位于海口市秀英区粤海大道，离海边不到1公里。

海口东站位于海南省海口市琼山区的火车客运站，是海南东环高铁的其中一个车站，与美兰站、城西火车站相邻接。与环岛高铁实现无缝对接。

2、主要线路不同

海口站主要线路：粤海铁路、海南东环铁路。

海口东站主要线路：海南环岛铁路。

3、规模不一样

海口站：海口站总建筑面积2.4845万平方米，站房建筑面积约2.05万平方米，厅高21米，广场东西长约480米，南北宽约326米，面积超过15万平方米。

海口东站：海口东站站房建筑总面积为9889平方米，高度为31.78米。

区别在于1.地点不一样，两站之间距离大概相差19.61公里,其中海口站位于海口市秀英区粤海大道;海口东站,位于海南省海口市龙华区凤翔西路。

2.火车目的不一样，海口东站是岛内动车，而海口站有出岛的火车。