亚马逊河流域面积达到6915000平方公里，相当于南美洲总面积的40%，从北纬5度伸展到南纬20度，源头在安第斯山高原中，离太平洋只有很短的距离，经过秘鲁和巴西在赤道附近进入大西洋。

源头流经秘鲁城市伊基托斯的亚马逊河亚马逊河的源头最近才正式确定，是在秘鲁安第斯山区中一个海拔5597米叫奈瓦多·米斯米的山峰中的一条小溪。距离秘鲁首都利马大约有160公里，在利马南部偏西，1971年第一次认定，直到2001年才正式确定，溪水先流入劳里喀恰湖，再进入阿普里马克河，阿普里马克河是乌卡亚利河的支流，再与马腊尼翁河汇合成亚马逊河主干流。

位于南美北部亚马逊河及其支流流域，为大热带雨林，面积6,000,000平方公里(2,300,000平方哩)，覆盖巴西总面积40％。北抵圭亚那高原，西界安地斯山脉，南为巴西中央高原，东临大西洋。