南普陀和厦门大学的交通都比较便利，但根据实际情况而言，先去厦门大学可能更方便。厦门大学位于厦门市区内，有许多公交线路和定制巴士直达校园，同时，附近还有地铁站和公共自行车站，交通非常便利。

南普陀则位于厦门市外围，交通不如厦门大学方便，需要乘坐公交车或出租车前往。因此，如果行程安排紧凑，建议先去厦门大学。