农村房屋分层确权需要经过以下程序：

首先，农村村民需向村委会提供相关房屋产权证明及相关身份证明材料，申请分层确权。

村委会会对房屋进行实地测绘和核查，确认房屋的实际建筑结构并核对产权证明。

接着由相关部门进行评估和审批工作，最终颁发分层确权证书。这样村民们就可以合法拥有自己的房屋，并获得对应的权利保障。

农村房屋都是按地上房屋面积确权的，分层确不了，