河源市划分为三个区域，分别是东江、韩江、北江流域。其中，东江流域13737平方千米，占全市总面积的87.3%，主要集中在东源、源城、龙川、连平、和平、紫金县境内；韩江流域1670平方千米，位于龙川、紫金境内，占全市总面积10.6%；北江流域326平方千米，主要位于连平县陂头镇、贵东镇境内，占全市总面积2.1%。