北京南站的出发大厅位于南广场地面的二层（共五层），候车大厅内有23个检票口，两两相对，两个检票口之间的距离相距约50米，依次从北向南顺序排列，其中高架候车厅和地下一层可实现换乘大厅且均能候车，而12号检票口距离南广场进站口较近。