从温州自驾到南京，可以选择以下线路：

1. 经由沪昆高速公路（G60）：

- 从温州出发，上G15沈海高速。

- 经过台州、宁波，转入S12甬舟高速。

- 继续行驶，接入G15沈海高速，经过上海。

- 在上海，转入G2京沪高速，一直向东行驶。

- 经过江苏省苏州市，最终到达南京市。

2. 经由杭金衢高速公路（G56）和沪渝高速公路（G50）：

- 从温州出发，先上G1512杭长高速。

- 在杭州绕城高速处转入G56杭金衢高速。

- 经过金华、衢州，转入G60沪昆高速。

- 在杭州附近转入G50沪渝高速。

- 经过湖州、宜兴，最后在南京南附近下高速。

两条线路均可到达南京，但路程和路况会有所不同。建议在出行前通过导航软件查看实时路况，选择合适的路线。同时，根据季节和天气情况做好行车准备，确保旅途安全。