农村土地承包经营权确权登记颁证颁发的证书有错误要修改的，可以向当地乡(镇)农村经营管理部门或者县级以上地方人民政府农业行政主管部门进行申请。根据《农村土地承包经营权证管理办法》第十一条规定，农村土地承包当事人认为农村土地承包经营权证和登记簿记载错误的，有权申请更正。