海关总署在青岛、上海、黄埔设立3个一级风险防控中心。其中，海关总署风险防控中心（青岛）承担全国水运货物（小型船舶水运货物除外）的安全准入准出风险防控工作，负责水运渠道供应链企业的风险评估，主要职责是分析水运货物是否存在禁限管制、侵权、品名规格数量伪瞒报等安全准入风险。

海关总署还在各直属海关设立二级风险防控中心。两级风险防控中心分别负责全域性和本关区安全准入风险防控，形成错位分工、协同叠加的工作格局，合力打造全国水运口岸安全屏障。