截至2020年4月，三峡医专设有临床医学院、中医学院、护理学院、药学院（中药研究所）、医学技术学院、公共卫生与管理学院、马克思主义学院、基础医学部、公共基础部（体育工作部）9个教学院部，设置临床医学、口腔医学、医学检验技术等31个专科专业。

2019年起，学校与重庆三峡学院联合开办“3+2专本贯通分段培养项目”本科专业。

2020年7月，学校与重庆文理学院、长江师范学院分别联合培养制药工程、生物工程专业两年制“专升本”本科学生。

医生和护士多有的。开设有临床医学、中医、护理、药学、医学技术、公共卫生、康复治疗、健康管理、药品制造和食品药品管理等12个类别31个专业，涵盖医药卫生行业各领域，专业优势明显。

热门专业有：临床医学、口腔医学、预防医学、中医学、康复治疗技术、护理、医学检验技术、医学影像技术、药学、中药学等。

特色专业有：针灸推拿、中医骨伤、助产、老年服务与管理、眼视光技术、口腔医学技术、药品经营与管理、大数据技术与应用等。