是的，兰州站高铁在经过兰州市区时会穿过兰州西站。兰州西站是兰州市的一个重要铁路交通枢纽，也是中国西部地区铁路网中的一个重要节点站，有着长途客运、城际铁路客运和进出口货物运输等功能。高铁从兰州站出发，经过中川机场，穿过兰州市区后，在西站附近进行换向，继续向西北方向行驶。因此，兰州西站是兰州站高铁过程中不可或缺的一个站点。