食品菌落总数超标的处罚如下：

1. 违反《食品安全法》第三十四条第十三项规定，应依照该法第一百二十四条第二款规定进行处罚。

2. 没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂，并可以没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品。

3. 违法生产经营的食品、食品添加剂货值金额不足1万元的，并处5万元以上10万元以下罚款；货值金额1万元以上的，并处货值金额10倍以上20倍以下罚款。

4. 情节严重的，吊销许可证。

请注意，以上信息仅供参考，具体请参考相关法律法规。