十三陵水库泄洪时流入的是北运河（又称北运渠）。北运河是北京市一条重要的水利渠道，是泄洪水的主要通道。北运河流经北京市区，最后汇入太湖水库。十三陵水库位于北京市昌平区，当水库水位过高时，为防止溃坝危险，会通过泄洪口将多余的水流入北运河，以保持水库的安全水位。