万代魂商店上海可以通过以下步骤进行预约：

1. 进入万代魂商店上海的官方网站，点击预约页面进入预约系统。

2. 填写个人信息，包括姓名、身份证号码、手机号码等。

3. 选择预约时间和门店，可以选择浦东旗舰店、徐汇日月光店或者新天地店。

4. 提交预约，等待系统确认。

需要注意的是，预约名额有限，如果无法成功预约，可以尝试在官方网站或者社交媒体上关注最新信息，或者在门店开放时前往现场排队购买。同时，为了保障自己的安全和权益，建议在购买时遵守相关规定和流程，如佩戴口罩、出示健康码等。