全程设12个车站：

赣州设4站

赣州西、信丰西、龙南东、定南西；

河源有4个：和平东、龙川西、东源、河源东；惠州市2个：博罗北、惠州北，东莞市1个：塘厦，深圳市1个：深圳北。

其中，新建车站10个，而深圳北站、赣州西站是利用既有车站。全程设12个车站：

赣州设4站

赣州西、信丰西、龙南东、定南西；

河源有4个：和平东、龙川西、东源、河源东；惠州市2个：博罗北、惠州北，东莞市1个：塘厦，深圳市1个：深圳北。

其中，新建车站10个，而深圳北站、赣州西站是利用既有车站。

赣深高铁在江西设有三个站，分别是南昌西站、宜春北站和鹰潭北站。南昌西站位于南昌市西郊，是江西省主要的高铁客运枢纽之一，连接京九铁路、合福高铁、南昌铁路局等多条铁路线路，是南昌市的重要交通枢纽。宜春北站位于宜春市北郊，是赣深高铁设在宜春市的唯一高铁站点，方便了城市与周边地区的交通往来。

鹰潭北站位于鹰潭市北郊，是赣深高铁设在鹰潭市的唯一高铁站点，为当地居民和游客提供了便捷的出行选择。