管的范围不同，校学生会管的是全校的，系学生会管的是本学院的，一般学校的大型活动主要由校学生会负责，不过单从个人的利益来看，我推荐你选择系学生会好一点，因为系学生会和本系的老师打交道，对以后的方便比较有利，而学校的学生会则鞭长莫及。不过你可以都入选。

区别很简单，校学生会是系学生会的上级领导校，校学生会有系学生会推荐的管理人员组成，对系学生会进行专业领导，发布命令和安排任务。

校学生会管理和领导着各个系的学生会，校学生会是为全校学生服务的，而系学生会服务本系的学生，二者是上下级关系。