巴曹镇的崛起发端于渔业经济，渔业产量占苍南县三分之一，温州市九分之一。目前，拥有大小渔船800多艘，其中钢质渔船400多艘，水产养殖面积9000多亩，水产品加工企业（场）15家，已初步形成了“捕养加”，“产供销”一体化的产业新格局。鳗鱼、对虾、梭子蟹、鲳鱼、虾皮、虾仁等名特优水产品闻名国内，远销美国、日本、菲律宾等国。水产品养殖有泥蛤、文蛤、蝤蜢、蛏子等。温州市水产品加工基地正在规划报批中。