厦深高铁途径的站点包括厦门北站、泉州站、漳州东站、龙岩站、三明北站、南平北站、福州南站、莆田站、惠安站、湄洲岛站、深圳北站等。其中，厦门北站和深圳北站是该线的起点和终点站，中途站点均为省内城市，途经福建省东南沿海及西北部地区。其中，福州南站是该线的重要中转站，可连接其他高铁线路。