从广州南站到花都站，最快的方法是乘坐地铁换乘公交车。具体路线如下：

1.广州南站约步行541.0米到石壁站，乘坐地铁2号线经过14站，在广州火车站下车。

2.步行447.0米到广州市汽车客运站，乘坐广花快线经过8站，在花都客运站下车。

3.步行128.0米便到达终点花都火车站总站，总耗时约113分钟。