基肥在開缸時施加，液肥在日常維護中添加。根肥則根據水草的狀態適時添加。大多數根肥不可當作基肥使用，否則由于其釋放速度過快，會造成水草“肥傷”，并且有可能引發暴藻。

少數根肥具有“緩釋性”，可以適量作為基肥使用，但肥效沒有基肥持久~基肥的用量需要嚴格控制，并且要盡量分散。否則有機質的過度腐敗會造成底床環境的嚴重劣化