大多数蜥蜴吃动物性食物，主要是各种昆虫。壁虎类（Gekkonids）夜晚活动，以鳞翅目等昆虫为食物。体型较大的蜥蜴如大壁虎（蛤蚧，Gekkogecko）也可以小鸟，其他蜥蜴为食物。巨蜥（Varanus）则可吃鱼、蛙甚至捕食小型哺乳动物。

也有一部分蜥蜴如鬣蜥（Agama）以植物性食物为主。由于大多数种类捕吃大量昆虫，蜥蜴在控制害虫方面所起的作用是不可低估的。很多人以为蜥蜴是有毒动物，这是不对的。全世界6000种蜥蜴中，已知只有两种有毒毒蜥，隶属于毒蜥科（Helodermatidae），且都分布在北美及中美洲。

水生蜥蜴大部分的种类为肉食性，以昆虫、蚯蚓、蜗牛甚至老鼠等为食，但也有以仙人掌或海藻为主食或是杂食性的。