公司的做法符合法律规定。根据《工伤保险条例》第二十九条规定，工伤职工治疗工伤所需费用符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付。工伤职工住院期间公司支付的医疗费用属于垫付性质，工伤保险基金赔付的费用不仅有属于职工的住院伙食补助费、丧失劳动能力伤残补助金，还包含了应当由工伤保险基金支付医疗费用，公司从中扣除垫付部分符合法律规定。