申请中药保密配方需要遵守相关法律法规，依据《办法》规定，应向国家食品药品监督管理总局提交申请，并提供符合要求的保密材料，包括保密申请书、保密协议、保密制度等。

申请人需要提供证明其具备研究配方资格的相关证件，如执业资格证书、职业资格证书、学术成果证明等，并说明中药配方的研制目的及用途。

审批机构要求保密期限为5年或10年，保密期满后可申请延长保密期限。最后，申请人应缴纳保密费用。

中药配方申请专利流程是先向专利管理部门提出申请，经审核后即可。专利申请是获得专利权的必须程序。专利权的获得，要由申请人向国家专利机关提出申请，经国家专利机关批准并颁发证书。

申请人在向国家专利机关提出专利申请时，还应提交一系列的申请文件，如请求书、说明书、摘要和权利要求书等等。