历史遗留的房地分离登记需要依据法律规定进行处理。一般情况下，需要先核实房产权证、土地证、规划许可证等相关资料的真实性，然后进行重新登记或合并登记。

如果房地分离后，房屋侵占土地用于非法建筑，则需要依法进行拆除或补偿。

在处理过程中，应注重维护合法权益，确保公正、公平、公开，处理出的结果符合法律规定和社会公共利益。

历史遗留的房地分离登记可以通过多种方式处理，包括重新办理房地合一登记、申请房地产权确认、委托律师进行代理等。对于已经存在的分离登记，需要进行审批或撤销。在处理过程中需要充分考虑当地的法律法规和政策，确保合法、公正、公平。