停业整顿后申请恢复营业的流程：

1、停业户应在停业期满前十日内向主管国税机关综合服务窗口提出复业申请，并填报《停业复业（提前复业）报告书》一式三份；停业户需提前复业的，应在恢复正常生产经营前十日内提出复业申请；

2、综合服务窗口对停业户提出复业申请符合规定的，应当场予以核准，并在《停业复业（提前复业）报告书》上签字盖章，同时返还原收缴的各种税务登记证件及其他有关资料。

在返还证件、资料时，应要求收件人在《停业复业（提前复业）报告书》上签收；

3、停业户复业时，原税务登记内容发生变化的，应在办理复业申请的同时办理变更税务登记。

停业整顿后，向有关管理部门申请，管理部门派出工作人员耒检查整顿结果，然后做记录，然后上报部门领导，等待申批结果，整顿期间不允许营业，如果整顿期偷偷营业，一经发现会加重处罚力度，所以说整顿期间，必须自检，带领员工学习有关制度，等待验收合格