南方医科大学更好一些，尤其是在学术研究方面：

1、科研平台

截至2021年3月，学校拥有国家、省部级科研平台86个，其中含国家重点实验室、国家临床医学研究中心、全国科普教育基地、国家国际科技合作基地和国家创新人才培养示范基地各1个。

拥有国家自然科学基金创新研究群体和科技部重点领域创新团队各1个，教育部创新团队2个。

2、科研成果

截至2021年3月，学校先后以第一完成单位获国家自然科学二等奖2项、国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖15项、全国专利优秀奖1项、省部级科技一等奖53项。

南方医科大学无论是底蕴还是实力都全面超过了广州医科大学。南方医大的临床医学只是多个强势学科之一，但实力也超过了广州医科大学的王牌临床医学。

南方医科大学一直以来在我国南方都有着较高的名气，与全国高校相比，医科实力也可居第15左右

南方医科大学好一点。无论是从科研成果或者是综合实力来讲都是南方医科大学优秀。南方医科大背靠南方医院，有国家，省部科研平台86个，国家重点实验室，国家临床医学研究中心等。