小规模纳税人季度开具的3%专用发票，需要在增值税申报表中进行申报。具体步骤如下： 在填报增值税申报表时，选择“小规模纳税人”选项。

在“应纳税销售额”栏中，将3%专用发票的金额填写在“货物销售额”或“应税劳务销售额”对应的栏次中。

在“销项税额”栏中，将3%的税额填写在“销项税额”对应的栏次中。

在“应纳税额”栏中，将“应纳税销售额”栏和“销项税额”栏的差额填写在“应纳税额”对应的栏次中。

在“预缴税额”栏中，将已预缴的增值税额填写在“预缴税额”对应的栏次中。

在“应退税额”或“应补税额”栏中，将“应纳税额”栏和“预缴税额”栏的差额填写在“应退税额”或“应补税额”对应的栏次中。