当主体发生变更后，申请仲裁的程序如下：

首先，新主体应向仲裁机构提交书面申请，包括变更后的主体信息和变更前的主体信息。

其次，仲裁机构将核实申请的有效性，并通知对方当事人。然后，对方当事人可以提出反对意见或提供相关证据。

最后，仲裁机构将根据双方的陈述和证据进行审理，并作出裁决。变更后的主体应遵守仲裁裁决，并履行相关义务。

以变更后的主体为申请人或者被申请人申请仲裁。