根据发改办价格[2003]857号，招标代理服务费用应由招标人支付，招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定

重点在这另有约定，目前有几个办法

1、招标代理机构向中标人收取服务费，才方法需要在招标文件中明确说明，确保投标人知情权，以及调整预算计算方法；

2、招标代理和招标人可约定单项目固定收费，比如一个项目固定付费；

3、招标代理和招标人可约定服务费率，预付固定服务费，最后招标结束，确定标的额后，再做计算。