北京第十三中学是有分校的，一是什刹海校区，派位是德胜学区，什刹海学区，另一个是成毅校区，派位是新街口学区。还有一个合作校区，北京房山区十三中青龙湖分校，重要服务于房山区青龙湖镇附近学生。属于公立市属普通中学，设有初中部和高中部。