不经过南京

杭州东到苏州的火车途径：桐乡站，嘉兴南站，嘉善南站，上海虹桥站，昆山南站，最后到达苏州站，共六个站点，历时二个小时四十七分钟。

这要看你选择什么方法从杭州去苏州。如果坐高铁，可能会经过南京，也可能经过上海。如果选择大巴或自驾车，杭州到苏州高速直达。