巴中职业技术学院只有一个主校区，即通江校区1。

学院下设五个二级学院（教育学院、医学院、管理学院、理工学院、中职学院）、四中心（培训中心、秦巴文化艺术研究中心、智能机器人研究中心、巴蜀非遗综合工艺研究中心）、一部（思想政治课教学研究工作部）