南京新型农村合作医疗在报销时分为两种情况，一种是住院治疗，在乡村两级医疗机构住院，可以享受55%的报销补偿；在县一级医院住院，可以享受45%的报销补偿；在市一级医院住院，按不同情况分为五个级别，最低可以享受40%的报销补偿。另一种就是门诊治疗，只在乡村两级享受30%的报销补偿。不过还有一些特殊情况。