济宁境内的车站分别为： 嘉祥北站、济宁北站、兖州西站、曲阜南站。

新建铁路鲁南快速铁路客运通道菏泽至曲阜段位于山东省西南部西部经济隆起带的临枣济菏发展轴， 西起菏泽市管辖的牡丹区，东至济宁市管辖的曲阜市，途经菏泽市管辖的牡丹区、定陶县、郓城县和巨野县，济宁市管辖的嘉祥县、汶上县、任城区、兖州区和曲阜市，是山东省“三纵三横”城际铁路网第三横南通道的重要组成部分。