一、特性不同1、大豆蛋白：大豆蛋白是一种植物性蛋白质，其氨基酸组成与牛奶蛋白质相近，除蛋氨酸略低外，其余必需氨基酸含量均较丰富，是植物性的完全蛋白质。

2、大豆分离蛋白：大豆分离蛋白是以低温脱溶大豆粕为原料生产的一种全价蛋白类食品添加剂。具有乳化性、水合性、吸油性、凝胶性、发泡性及结膜性。

二、蛋白质含量不同1、大豆蛋白：蛋白质含量约为38%以上。

2、大豆分离蛋白：大豆分离蛋白中蛋白质含量在90%以上。

三、存在方式不同1、大豆蛋白：大豆蛋白产品有粉状大豆蛋白产品和组织化大豆蛋白产品两种。

2、大豆分离蛋白：大豆蛋白质是由一系列氨基酸通过肽键结合而成的高分子有机聚合物，它主要由清蛋白和球蛋白组成，其中清蛋白约占5%，球蛋白约占90%。