工程进度款支付资料应该要归档。工程支付资料包括工程预算资料、决算审核资料工程监理单位的监理情况资料、审计部门对工程项目的审核意见，工程款支付时各管理层级、部门及领导的签批手续等，这些资料都是将来主管部门、审计稽核部门对项目管理情况进行检查时的重要资料，因此需要归档保管。