南开大学和南京大学都有物理系。这两所大学在中国都是著名的高等学府，拥有优秀的物理学科和师资。具体以个人需求和对学校的选择更适合为准。

南京大学物理系建立时间比南开大学物理系早，师资力量比较强，教学成果转换好。