1. 可以申请赔偿。

2. 因为水淹店铺会造成财产损失和经营困难，根据法律规定，受灾店铺可以向相关部门申请赔偿，以减轻经济压力和恢复正常经营。

3. 申请赔偿的具体程序和条件可能因地区和法律规定而有所不同，建议受灾店铺及时与相关部门联系，并提供相关证据和资料，以便顺利申请赔偿。此外，店铺也可以考虑购买商业保险来应对自然灾害等意外情况，以降低经济风险。

不可以

商店被洪水淹没了的不补偿。因为这是属于自然灾害,所以不可以找国家赔偿,对于灾后重建我国的方针是这样的“依靠群众,依靠集体,生产自救,互助互济,辅之以国家必要的救济和扶持”。

如果水淹店铺是由于自然灾害或其他不可抗力造成的，通常是可以向地方政府或相关机构申请救助资金或赔偿。

但如果是因为店铺自身原因导致的水灾，如未进行适当的排水措施或存放危险品等，通常需要自行承担损失。因此，要根据具体情况来分析和判断是否可以申请赔偿。