合法。公积金是企事业单位必须要缴纳的，但是缴纳比例是可以浮动的！国家政策规定、单位缴纳公积金可以在工资基数的5%至12%之间选择，职工个人交纳的公积金与单位是相同的！！

你的单位按工资基数5%交纳公积金、是按规定比例的下限、但也还是合法的。