清华大学所在地原为清代的皇家园林——清华园。起初叫做清华学堂，后更名国立清华大学，新中国成立后正式命名清华大学。

清华一词来自东晋谢混作《游西池》诗，有“景昃鸣禽集，水木湛清华”，意指“夕阳斜照，鸣叫的鸟儿归林；清澈的水色与华美的草木，已经淹没在暮色之中。”原为感叹时光流逝之意。后引申出“水木清华”一词，并赋予“池水清澈，树木华美”之意。

明万历年间建皇家园林清华园，后废。清康熙年间建熙春园，后分为近春园、熙春园两部，咸丰帝为熙春园亲书匾额改为“清华园”。

1910年，游美学务处将附属肄业馆改为学堂，依据所在地而定名“清华学堂”。

1912年更名为清华学校。

1928年6月，南京国民政府掌控北京后准备改办大学，对罗家伦校长的委任状中定名为“清华大学”，未加“国立”二字，后经罗多次争取，定名为国立清华大学。

1949年新中国成立后，正式命名为“清华大学”。