哈士奇眼睛有2种颜色。棕色/褐色、蓝色（包括深棕色，浅棕色，鸳鸯眼）。眼睛杏仁状，分隔的距离适中，稍斜。

哈士奇犬的CKU标准中允许双瞳蓝色（俗称双蓝眼）、褐色（俗称双褐眼），双瞳异色（俗称鸳鸯眼）或单瞳异色（俗称杂眼）。值得一提的是“蓝眼，三火”，蓝眼指的就是眼睛是蓝色的；三火指的是额头上的三道白色痕迹，看起来像三把燃烧的火苗。