给你一点数据吧：

湖北中医药大学和安徽中医学院，国家重点学科前者16个，后者4个；硕士点前者22个后者18个；博士点前者12个后者无，博士后流动站前者1个后者无。

虽然这些可能跟你关系不大，但是说明了一个学校的综合实力，以及在学术界的地位，所以就中医药反面湖中医可能更好一些，毕竟一个是大学一个是学院，学院只有达到一定的软硬件设施才能成为大学。安徽毕竟还有个安医大，湖北医科大学早就被武大并了。当然选择还是要你自己定。