北京医科大学最好的专业是临床医学专业。

临床医学专业毕业授予医学学士学位，可以考取执业医师资格证，在医院有处方权，也有话语权，可以管病人做手术，就是大家所说的医生，在医院是挑大梁的，大部分医院的院领导和大多数科室的主任都是临床医学专业出身，临床医学专业是每年收分最高的专业之一。

北京医科大学国家级高等学校特色专业建设点：药学、临床医学（北大医院）、临床医学（人民医院）、口腔医学、预防医学。